オムニック・クライシス終結後、放置され休眠状態にあったバスティオンは、再生された世界で目を覚ました。人類に対する敵意しか持たなかった彼に、好奇心と自然を愛する心が芽生えたのだ。バスティオンは鳥の相棒「ガニメデ」とともに、トールビョーン・リンドホルムに保護され、かつて敵対していた人類と協力するようになった。