重巡洋艦プリンツ・オイゲンは、戦艦ビスマルクと共に 1941 年 5 月のライン演習作戦に参加。大西洋における通商破壊を目的とした本作戦中に発生したデンマーク海峡海戦において、この 2 隻はイギリスの巡洋戦艦フッドを撃沈し、戦艦プリンス・オブ・ウェールズにも大きな損害を与えました。
1945 年 5 月にドイツが降伏。生き残っていた本艦はイギリス海軍に引き渡された後、アメリカ軍が接収しました。